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In silico analysis of RND superfamily in the Burkholderia genus 2011 E. Perrin; M. Fondi; R. Semeraro; I. Maida; M.C. Papaleo; M.R. Pasca; S. Buroni; G. Riccardi; R. Fani
DuctApe 2014 M.Galardini; A.Mengoni; E.G.Biondi; R.Semeraro; A.Florio; M.Bazzicalupo; A. Benedetti; S.Mocali
DuctApe: a suite for the analysis and correlation of genomic and OmniLog™ Phenotype Microarray data. 2014 Galardini M;Mengoni A;Biondi EG;Semeraro R;Florio A;Bazzicalupo M;Benedetti A;Mocali S
Characterization and identification of hidden rare variants in the human genome 2015 Magi, Alberto; D'Aurizio, Romina; Palombo, Flavia; Cifola, Ingrid; Tattini, Lorenzo; Semeraro, Roberto; Pippucci, Tommaso; Giusti, Betti; Romeo, Giovanni; Abbate, Rosanna; Gensini, Gian Franco
Nanopore sequencing data analysis: state of the art, applications and challenges 2017 Magi, Alberto; Semeraro, Roberto; Mingrino, Alessandra; Giusti, Betti; D'Aurizio, Romina
Using XCAVATOR and EXCAVATOR2 to Identify CNVs from WGS, WES, and TS Data 2018 D'Aurizio R.; Semeraro R.; Magi A.
"β3-Adrenoreceptors Control Mitochondrial Dormancy in Melanoma and Embryonic Stem Cells, 2018 Maura Calvani , Lorenzo Cavallini, Annalisa Tondo , Valentina Spinelli , Luisa Ricci , Amada Pasha , Gennaro Bruno , Daniela Buonvicino , Elisabetta Bigagli , Marina Vignoli , Francesca Bianchini , Laura Sartiani , Maura Lodovici , Roberto Semeraro, Filippo Fontani , Francesco De Logu , Massimo Dal Monte , Paola Chiarugi, Claudio Favre , and Luca Filippi
Xome-Blender: A novel cancer genome simulator 2018 Semeraro R.; Orlandini V.; Magi A.
Involvement of RUNX1 Pathway Is a Common Event in the Leukemic Transformation of Chronic Myeloproliferative Neoplasms (MPNs) 2019 Paola Guglielmelli, MD PhD, Niccolò Bartalucci, PhDBSc, Elisa Contini, PhD, Giada Rotunno, PhD, Annalisa Pacilli, PhD, Simone Romagnoli, BSc, Lara Mannelli, MD, Francesco Mannelli, MD, Giacomo Coltro, MD, Alessandro Pancrazzi, PhD, Valentina Ariu, BSci, Sara Fiaccabrino, Roberto Semeraro, Alberto Magi, PhD, Carmela Mannarelli, PhD, Francesca Gesullo, BSci, Chiara Paoli, PhD, Alessandro M. Vannucchi, MD
PyPore: a python toolbox for nanopore sequencing data handling 2019 Semeraro, Roberto; Magi, Alberto
Versatile Quality Control Methods for Nanopore Sequencing 2019 Bolognini D.; Semeraro R.; Magi A.
Nano-GLADIATOR: real-time detection of copy number alterations from nanopore sequencing data 2019 Magi, Alberto; Bolognini, Davide; Bartalucci, Niccoló; Mingrino, Alessandra; Semeraro, Roberto; Giovannini, Luna; Bonifacio, Stefania; Parrini, Daniela; Pelo, Elisabetta; Mannelli, Francesco; Guglielmelli, Paola; Vannucchi, Alessandro Maria
Acute kidney injury promotes development of papillary renal cell adenoma and carcinoma from renal progenitor cells. 2020 Peired AJ, Antonelli G, Angelotti ML, Allinovi M, Guzzi F, Sisti A, Semeraro R, Conte C, Mazzinghi B, Nardi S, Melica ME, De Chiara L, Lazzeri E, Lasagni L, Lottini T, Landini S, Giglio S, Mari A, Di Maida F, Antonelli A, Porpiglia F, Schiavina R, Ficarra V, Facchiano D, Gacci M, Serni S, Carini M, Netto GJ, Roperto RM, Magi A, Christiansen CF, Rotondi M, Liapis H, Anders HJ, Minervini A, Raspollini MR, Romagnani P.
AUDACITY: A comprehensive approach for the detection and classification of Runs of Homozygosity in medical and population genomics 2020 Magi, Alberto; Giangregorio, Tania; Semeraro, Roberto; Carangelo, Giulia; Palombo, Flavia; Romeo, Giovanni; Seri, Marco; Pippucci, Tommaso
Heterogeneous magnitude of immunological memory to SARS-CoV-2 in recovered individuals 2021 Mazzoni A.; Maggi L.; Capone M.; Vanni A.; Spinicci M.; Salvati L.; Tekle Kiros S.; Semeraro R.; Pengue L.; Colao M.G.; Magi A.; Rossolini G.M.; Liotta F.; Cosmi L.; Bartoloni A.; Annunziato F.
Nanopore sequencing from liquid biopsy: analysis of copy number variations from cell-free DNA of lung cancer patients 2021 Martignano F.; Munagala U.; Crucitta S.; Mingrino A.; Semeraro R.; Del Re M.; Petrini I.; Magi A.; Conticello S.G.
From multitude to singularity: An up-to-date overview of scRNA-seq data generation and analysis 2022 Carangelo, Giulia; Magi, Alberto; Semeraro, Roberto
Third-Generation Cytogenetic Analysis: Diagnostic Application of Long-Read Sequencing 2022 Magini, Pamela; Mingrino, Alessandra; Gega, Barbara; Mattei, Gianluca; Semeraro, Roberto; Bolognini, Davide; Mongelli, Patrizia; Desiderio, Laura; Pittalis, Maria Carla; Pippucci, Tommaso; Magi, Alberto
Tubular cell polyploidy protects from lethal acute kidney injury but promotes consequent chronic kidney disease 2022 De Chiara, Letizia; Conte, Carolina; Semeraro, Roberto; Diaz-Bulnes, Paula; Angelotti, Maria Lucia; Mazzinghi, Benedetta; Molli, Alice; Antonelli, Giulia; Landini, Samuela; Melica, Maria Elena; Peired, Anna Julie; Maggi, Laura; Donati, Marta; La Regina, Gilda; Allinovi, Marco; Ravaglia, Fiammetta; Guasti, Daniele; Bani, Daniele; Cirillo, Luigi; Becherucci, Francesca; Guzzi, Francesco; Magi, Alberto; Annunziato, Francesco; Lasagni, Laura; Anders, Hans-Joachim; Lazzeri, Elena; Romagnani, Paola
Differentiation of crescent-forming kidney progenitor cells into podocytes attenuates severe glomerulonephritis in mice 2022 Maria Elena Melica, Giulia Antonelli, Roberto Semeraro, Maria Lucia Angelotti, Gianmarco Lugli, Samuela Landini, Fiammetta Ravaglia, Gilda La Regina, Carolina Conte, Letizia De Chiara, Anna Julie Peired, Benedetta Mazzinghi, Marta Donati, Alice Molli, Stefanie Steiger, Alberto Magi, Niccolò Bartalucci, Valentina Raglianti,, Francesco Guzzi, Laura Maggi, Francesco Annunziato, Alexa Burger, Elena Lazzeri, Hans-Joachim Anders, Laura Lasagni, Paola Romagnani
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