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Abstract
BACKGROUND: Late-onset Alzheimer's disease (AD) is heritable with 20 genes showing genome-wide association in the International Genomics of Alzheimer's Project (IGAP). To identify the biology underlying the disease, we extended these genetic data in a pathway analysis.
METHODS: The ALIGATOR and GSEA algorithms were used in the IGAP data to identify associated functional pathways and correlated gene expression networks in human brain.
RESULTS: ALIGATOR identified an excess of curated biological pathways showing enrichment of association. Enriched areas of biology included the immune response (P = 3.27 * 10(-12) after multiple testing correction for pathways), regulation of endocytosis (P = 1.31 * 10(-11)), cholesterol transport (P = 2.96 * 10(-9)), and proteasome-ubiquitin activity (P = 1.34 * 10(-6)). Correlated gene expression analysis identified four significant network modules, all related to the immune response (corrected P = .002-.05).
CONCLUSIONS: The immune response, regulation of endocytosis, cholesterol transport, and protein ubiquitination represent prime targets for AD therapeutics.
Convergent genetic and expression data implicate immunity in Alzheimer's disease / Jones, L., Lambert, J., Wang, L., Choi, S., Harold, D., Vedernikov, A., Escott-Price, V., Stone, T., Richards, A., Bellenguez, C., Ibrahim-Verbaas, C.A., Naj, A.C., Sims, R., Gerrish, A., Jun, G., Destefano, A.L., Bis, J.C., Beecham, G.W., Grenier-Boley, B., Russo, G., et al.. - In: ALZHEIMER'S & DEMENTIA. - ISSN 1552-5260. - STAMPA. - 11:(2015), pp. 658-671. [10.1016/j.jalz.2014.05.1757]
Convergent genetic and expression data implicate immunity in Alzheimer's disease
Jones, Lesley;Lambert, Jean Charles;Wang, Li San;Choi, Seung Hoan;Harold, Denise;Vedernikov, Alexey;Escott Price, Valentina;Stone, Timothy;Richards, Alexander;Bellenguez, Céline;Ibrahim Verbaas, Carla A.;Naj, Adam C.;Sims, Rebecca;Gerrish, Amy;Jun, Gyungah;Destefano, Anita L.;Bis, Joshua C.;Beecham, Gary W.;Grenier Boley, Benjamin;Russo, Giancarlo;Thornton Wells, Tricia A.;Jones, Nicola;Smith, Albert V.;Chouraki, Vincent;Thomas, Charlene;Ikram, M. Arfan;Zelenika, Diana;Vardarajan, Badri N.;Kamatani, Yoichiro;Lin, Chiao Feng;Schmidt, Helena;Kunkle, Brian W.;Dunstan, Melanie L.;Ruiz, Agustin;Bihoreau, Marie Thérèse;Reitz, Christiane;Pasquier, Florence;Hollingworth, Paul;Hanon, Olivier;Fitzpatrick, Annette L.;Buxbaum, Joseph D.;Campion, Dominique;Crane, Paul K.;Becker, Tim;Gudnason, Vilmundur;Cruchaga, Carlos;Craig, David;Amin, Najaf;Berr, Claudine;Lopez, Oscar L.;De Jager, Philip L.;Deramecourt, Vincent;Johnston, Janet A.;Evans, Denis;Lovestone, Simon;Letteneur, Luc;Kornhuber, Johanes;Tárraga, Lluís;Rubinsztein, David C.;Eiriksdottir, Gudny;Sleegers, Kristel;Goate, Alison M.;Fiévet, Nathalie;Huentelman, Matthew J.;Gill, Michael;Emilsson, Valur;Brown, Kristelle;Kamboh, M. Ilyas;Keller, Lina;Barberger Gateau, Pascale;Mcguinness, Bernadette;Larson, Eric B.;Myers, Amanda J.;Dufouil, Carole;Todd, Stephen;Wallon, David;Love, Seth;Kehoe, Pat;Rogaeva, Ekaterina;Gallacher, John;St George Hyslop, Peter;Clarimon, Jordi;Lleò, Alberti;Bayer, Anthony;Tsuang, Debby W.;Yu, Lei;Tsolaki, Magda;Bossù, Paola;Spalletta, Gianfranco;Proitsi, Petra;Collinge, John;SORBI, SANDRO;Sanchez Garcia, Florentino;Fox, Nick;Hardy, John;Deniz Naranjo, Maria Candida;Razquin, Cristina;Bosco, Paola;Clarke, Robert;Brayne, Carol;Galimberti, Daniela;Mancuso, Michelangelo;Moebus, Susanne;Mecocci, Patrizia;Del Zompo, Maria;Maier, Wolfgang;Hampel, Harald;Pilotto, Alberto;Bullido, Maria;Panza, Francesco;Caffarra, Paolo;NACMIAS, BENEDETTA;Gilbert, John R.;Mayhaus, Manuel;Jessen, Frank;Dichgans, Martin;Lannfelt, Lars;Hakonarson, Hakon;Pichler, Sabrina;Carrasquillo, Minerva M.;Ingelsson, Martin;Beekly, Duane;Alavarez, Victoria;Zou, Fanggeng;Valladares, Otto;Younkin, Steven G.;Coto, Eliecer;Hamilton Nelson, Kara L.;Mateo, Ignacio;Owen, Michael J.;Faber, Kelley M.;Jonsson, Palmi V.;Combarros, Onofre;O'Donovan, Michael C.;Cantwell, Laura B.;Soininen, Hilkka;Blacker, Deborah;Mead, Simon;Mosley, Thomas H.;Bennett, David A.;Harris, Tamara B.;Fratiglioni, Laura;Holmes, Clive;De Bruijn, Renee F. A. G.;Passmore, Peter;Montine, Thomas J.;Bettens, Karolien;Rotter, Jerome I.;Brice, Alexis;Morgan, Kevin;Foroud, Tatiana M.;Kukull, Walter A.;Hannequin, Didier;Powell, John F.;Nalls, Michael A.;Ritchie, Karen;Lunetta, Kathryn L.;Kauwe, John S. K.;Boerwinkle, Eric;Riemenschneider, Matthias;Boada, Mercè;Hiltunen, Mikko;Martin, Eden R.;Pastor, Pau;Schmidt, Reinhold;Rujescu, Dan;Dartigues, Jean François;Mayeux, Richard;Tzourio, Christophe;Hofman, Albert;Nöthen, Markus M.;Graff, Caroline;Psaty, Bruce M.;Haines, Jonathan L.;Lathrop, Mark;Pericak Vance, Margaret A.;Launer, Lenore J.;Farrer, Lindsay A.;Van Duijn, Cornelia M.;Van Broeckhoven, Christine;Ramirez, Alfredo;Schellenberg, Gerard D.;Seshadri, Sudha;Amouyel, Philippe;Williams, Julie;Holmans, Peter A.;MRC CFAS, Null
2015
Abstract
Abstract
BACKGROUND: Late-onset Alzheimer's disease (AD) is heritable with 20 genes showing genome-wide association in the International Genomics of Alzheimer's Project (IGAP). To identify the biology underlying the disease, we extended these genetic data in a pathway analysis.
METHODS: The ALIGATOR and GSEA algorithms were used in the IGAP data to identify associated functional pathways and correlated gene expression networks in human brain.
RESULTS: ALIGATOR identified an excess of curated biological pathways showing enrichment of association. Enriched areas of biology included the immune response (P = 3.27 * 10(-12) after multiple testing correction for pathways), regulation of endocytosis (P = 1.31 * 10(-11)), cholesterol transport (P = 2.96 * 10(-9)), and proteasome-ubiquitin activity (P = 1.34 * 10(-6)). Correlated gene expression analysis identified four significant network modules, all related to the immune response (corrected P = .002-.05).
CONCLUSIONS: The immune response, regulation of endocytosis, cholesterol transport, and protein ubiquitination represent prime targets for AD therapeutics.
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Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
