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Alu elements are primate-specific retroposons that mobilize using the enzymatic machinery of L1 s. The recently completed baboon genome project found that the mobilization rate of Alu elements is higher than in the genome of any other primate studied thus far. However, the Alu subfamily structure present in and specific to baboons had not been examined yet.
Here we report 129 Alu subfamilies that are propagating in the genome of the olive baboon, with 127 of these subfamilies being new and specific to the baboon lineage. We analyzed 233 Alu insertions in the genome of the olive baboon using locus specific polymerase chain reaction assays, covering 113 of the 129 subfamilies. The allele frequency data from these insertions show that none of the nine groups of subfamilies are nearing fixation in the lineage.
Many subfamilies of Alu elements are actively mobilizing throughout the baboon lineage, with most being specific to the baboon lineage.
Analysis of lineage-specific Alu subfamilies in the genome of the olive baboon, Papio anubis / Steely, Cody J.; Baker, Jasmine N.; Walker, Jerilyn A.; Loupe, Charles D.; Batzer, Mark A.*; Rogers, Jeffrey; Harris, R. Alan; Raveendran, Muthuswamy; Liu, Yue; Murali, Shwetha; Vilgalys, Tauras P.; Walker, Jerilyn A.; Konkel, Miriam K.; Jordan, Vallmer E.; Steely, Cody J.; Beckstrom, Thomas O.; Thomas, Gregg W.C.; Pagel, Kymberleigh A.; Pejaver, Vikas; Catacchio, Claudia R.; Archidiacono, Nicoletta; Ventura, Mario; Marra-Campanale, Alessia; Palazzo, Antonio; Capozzi, Oronzo; Raja, Archana; Huddleston, John; Quick, Veronica Searles; Karimpour-Fard, Anis; Schrempf, Dominik; de Manuel Montero, Marc; Billis, Konstantinos; Martin, Fergal J.; Muffato, Matthieu; Athanasiadis, Georgios; Bergey, Christina; Burrell, Andrew; Cheng, Jade; Cox, Laura; Else, James; Han, Yi.; Kopp, Gisela H.; Kothe, Maximilian; Leppälä, Kalle; Noll, Angela; Pecotte, Jera; Pipes, Lenore; Rice, Karen; Mason, Christopher E.; Disotell, Todd; Phillips-Conroy, Jane; Walter, Lutz; Munch, Kasper; Mailund, Thomas; Schierup, Mikkel; Kosiol, Carolin; Vinar, Tomas; Sikela, James M.; Zinner, Dietmar; Roos, Christian; Jolly, Clifford J.; Radivojac, Predrag; Stanyon, Roscoe; Rocchi, Mariano; Eichler, Evan E.; Aken, Bronwen; Hahn, Matthew W.; Batzer, Mark A.; Marques-Bonet, Tomas; Tung, Jenny; Muzny, Donna M.; Gibbs, Richard A.; Worley, Kim C.. - In: MOBILE DNA. - ISSN 1759-8753. - ELETTRONICO. - 9:(2018), pp. 0-0. [10.1186/s13100-018-0115-6]
Analysis of lineage-specific Alu subfamilies in the genome of the olive baboon, Papio anubis
Steely, Cody J.;Baker, Jasmine N.;Walker, Jerilyn A.;Loupe, Charles D.;Batzer, Mark A.;Rogers, Jeffrey;Harris, R. Alan;Raveendran, Muthuswamy;Liu, Yue;Murali, Shwetha;Vilgalys, Tauras P.;Walker, Jerilyn A.;Konkel, Miriam K.;Jordan, Vallmer E.;Steely, Cody J.;Beckstrom, Thomas O.;Thomas, Gregg W. C.;Pagel, Kymberleigh A.;Pejaver, Vikas;Catacchio, Claudia R.;Archidiacono, Nicoletta;Ventura, Mario;Marra-Campanale, Alessia;Palazzo, Antonio;Capozzi, Oronzo;Raja, Archana;Huddleston, John;Quick, Veronica Searles;Karimpour-Fard, Anis;Schrempf, Dominik;de Manuel Montero, Marc;Billis, Konstantinos;Martin, Fergal J.;Muffato, Matthieu;Athanasiadis, Georgios;Bergey, Christina;Burrell, Andrew;Cheng, Jade;Cox, Laura;Else, James;Han, Yi.;Kopp, Gisela H.;Kothe, Maximilian;Leppälä, Kalle;Noll, Angela;Pecotte, Jera;Pipes, Lenore;Rice, Karen;Mason, Christopher E.;Disotell, Todd;Phillips-Conroy, Jane;Walter, Lutz;Munch, Kasper;Mailund, Thomas;Schierup, Mikkel;Kosiol, Carolin;Vinar, Tomas;Sikela, James M.;Zinner, Dietmar;Roos, Christian;Jolly, Clifford J.;Radivojac, Predrag;Stanyon, Roscoe;Rocchi, Mariano;Eichler, Evan E.;Aken, Bronwen;Hahn, Matthew W.;Batzer, Mark A.;Marques-Bonet, Tomas;Tung, Jenny;Muzny, Donna M.;Gibbs, Richard A.;Worley, Kim C.
2018
Abstract
Alu elements are primate-specific retroposons that mobilize using the enzymatic machinery of L1 s. The recently completed baboon genome project found that the mobilization rate of Alu elements is higher than in the genome of any other primate studied thus far. However, the Alu subfamily structure present in and specific to baboons had not been examined yet.
Here we report 129 Alu subfamilies that are propagating in the genome of the olive baboon, with 127 of these subfamilies being new and specific to the baboon lineage. We analyzed 233 Alu insertions in the genome of the olive baboon using locus specific polymerase chain reaction assays, covering 113 of the 129 subfamilies. The allele frequency data from these insertions show that none of the nine groups of subfamilies are nearing fixation in the lineage.
Many subfamilies of Alu elements are actively mobilizing throughout the baboon lineage, with most being specific to the baboon lineage.
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.