We conducted comprehensive integrative molecular analyses of the complete set of tumors in The Cancer Genome Atlas (TCGA), consisting of approximately 10,000 specimens and representing 33 types of cancer. We performed molecular clustering using data on chromosome-arm-level aneuploidy, DNA hypermethylation, mRNA, and miRNA expression levels and reverse-phase protein arrays, of which all, except for aneuploidy, revealed clustering primarily organized by histology, tissue type, or anatomic origin. The influence of cell type was evident in DNA-methylation-based clustering, even after excluding sites with known preexisting tissue-type-specific methylation. Integrative clustering further emphasized the dominant role of cell-of-origin patterns. Molecular similarities among histologically or anatomically related cancer types provide a basis for focused pan-cancer analyses, such as pan-gastrointestinal, pan-gynecological, pan-kidney, and pan-squamous cancers, and those related by stemness features, which in turn may inform strategies for future therapeutic development. Comprehensive, integrated molecular analysis identifies molecular relationships across a large diverse set of human cancers, suggesting future directions for exploring clinical actionability in cancer treatment.

Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer / Hoadley K. A.; Yau C.; Hinoue T.; Wolf D. M.; Lazar A. J.; Drill E.; Shen R.; Taylor A. M.; Cherniack A. D.; Thorsson V.; Akbani R.; Bowlby R.; Wong C. K.; Wiznerowicz M.; Sanchez-Vega F.; Robertson A. G.; Schneider B. G.; Lawrence M. S.; Noushmehr H.; Malta T. M.; Caesar-Johnson S. J.; Demchok J. A.; Felau I.; Kasapi M.; Ferguson M. L.; Hutter C. M.; Sofia H. J.; Tarnuzzer R.; Wang Z.; Yang L.; Zenklusen J. C.; Zhang J. J.; Chudamani S.; Liu J.; Lolla L.; Naresh R.; Pihl T.; Sun Q.; Wan Y.; Wu Y.; Cho J.; DeFreitas T.; Frazer S.; Gehlenborg N.; Getz G.; Heiman D. I.; Kim J.; Lawrence M. S.; Lin P.; Meier S.; Noble M. S.; Saksena G.; Voet D.; Zhang H.; Bernard B.; Chambwe N.; Dhankani V.; Knijnenburg T.; Kramer R.; Leinonen K.; Liu Y.; Miller M.; Reynolds S.; Shmulevich I.; Thorsson V.; Zhang W.; Akbani R.; Broom B. M.; Hegde A. M.; Ju Z.; Kanchi R. S.; Korkut A.; Li J.; Liang H.; Ling S.; Liu W.; Lu Y.; Mills G. B.; Ng K. -S.; Rao A.; Ryan M.; Wang J.; Weinstein J. N.; Zhang J.; Abeshouse A.; Armenia J.; Chakravarty D.; Chatila W. K.; de Bruijn I.; Gao J.; Gross B. E.; Heins Z. J.; Kundra R.; La K.; Ladanyi M.; Luna A.; Nissan M. G.; Ochoa A.; Phillips S. M.; Reznik E.; Sanchez-Vega F.; Sander C.; Schultz N.; Sheridan R.; Sumer S. O.; Sun Y.; Taylor B. S.; Wang J.; Zhang H.; Anur P.; Peto M.; Spellman P.; Benz C.; Stuart J. M.; Wong C. K.; Yau C.; Hayes D. N.; Parker J. S.; Wilkerson M. D.; Ally A.; Balasundaram M.; Bowlby R.; Brooks D.; Carlsen R.; Chuah E.; Dhalla N.; Holt R.; Jones S. J. M.; Kasaian K.; Lee D.; Ma Y.; Marra M. A.; Mayo M.; Moore R. A.; Mungall A. J.; Mungall K.; Robertson A. G.; Sadeghi S.; Schein J. E.; Sipahimalani P.; Tam A.; Thiessen N.; Tse K.; Wong T.; Berger A. C.; Beroukhim R.; Cherniack A. D.; Cibulskis C.; Gabriel S. B.; Gao G. F.; Ha G.; Meyerson M.; Schumacher S. E.; Shih J.; Kucherlapati M. H.; Kucherlapati R. S.; Baylin S.; Cope L.; Danilova L.; Bootwalla M. S.; Lai P. H.; Maglinte D. T.; Van Den Berg D. J.; Weisenberger D. J.; Auman J. T.; Balu S.; Bodenheimer T.; Fan C.; Hoadley K. A.; Hoyle A. P.; Jefferys S. R.; Jones C. D.; Meng S.; Mieczkowski P. A.; Mose L. E.; Perou A. H.; Perou C. M.; Roach J.; Shi Y.; Simons J. V.; Skelly T.; Soloway M. G.; Tan D.; Veluvolu U.; Fan H.; Hinoue T.; Laird P. W.; Shen H.; Zhou W.; Bellair M.; Chang K.; Covington K.; Creighton C. J.; Dinh H.; Doddapaneni H.; Donehower L. A.; Drummond J.; Gibbs R. A.; Glenn R.; Hale W.; Han Y.; Hu J.; Korchina V.; Lee S.; Lewis L.; Li W.; Liu X.; Morgan M.; Morton D.; Muzny D.; Santibanez J.; Sheth M.; Shinbrot E.; Wang L.; Wang M.; Wheeler D. A.; Xi L.; Zhao F.; Hess J.; Appelbaum E. L.; Bailey M.; Cordes M. G.; Ding L.; Fronick C. C.; Fulton L. A.; Fulton R. S.; Kandoth C.; Mardis E. R.; McLellan M. D.; Miller C. A.; Schmidt H. K.; Wilson R. K.; Crain D.; Curley E.; Gardner J.; Lau K.; Mallery D.; Morris S.; Paulauskis J.; Penny R.; Shelton C.; Shelton T.; Sherman M.; Thompson E.; Yena P.; Bowen J.; Gastier-Foster J. M.; Gerken M.; Leraas K. M.; Lichtenberg T. M.; Ramirez N. C.; Wise L.; Zmuda E.; Corcoran N.; Costello T.; Hovens C.; Carvalho A. L.; de Carvalho A. C.; Fregnani J. H.; Longatto-Filho A.; Reis R. M.; Scapulatempo-Neto C.; Silveira H. C. S.; Vidal D. O.; Burnette A.; Eschbacher J.; Hermes B.; Noss A.; Singh R.; Anderson M. L.; Castro P. D.; Ittmann M.; Huntsman D.; Kohl B.; Le X.; Thorp R.; Andry C.; Duffy E. R.; Lyadov V.; Paklina O.; Setdikova G.; Shabunin A.; Tavobilov M.; McPherson C.; Warnick R.; Berkowitz R.; Cramer D.; Feltmate C.; Horowitz N.; Kibel A.; Muto M.; Raut C. P.; Malykh A.; Barnholtz-Sloan J. S.; Barrett W.; Devine K.; Fulop J.; Ostrom Q. T.; Shimmel K.; Wolinsky Y.; Sloan A. E.; De Rose A.; Giuliante F.; Goodman M.; Karlan B. Y.; Hagedorn C. H.; Eckman J.; Harr J.; Myers J.; Tucker K.; Zach L. A.; Deyarmin B.; Hu H.; Kvecher L.; Larson C.; Mural R. J.; Somiari S.; Vicha A.; Zelinka T.; Bennett J.; Iacocca M.; Rabeno B.; Swanson P.; Latour M.; Lacombe L.; Tetu B.; Bergeron A.; McGraw M.; Staugaitis S. M.; Chabot J.; Hibshoosh H.; Sepulveda A.; Su T.; Wang T.; Potapova O.; Voronina O.; Desjardins L.; Mariani O.; Roman-Roman S.; Sastre X.; Stern M. -H.; Cheng F.; Signoretti S.; Berchuck A.; Bigner D.; Lipp E.; Marks J.; McCall S.; McLendon R.; Secord A.; Sharp A.; Behera M.; Brat D. J.; Chen A.; Delman K.; Force S.; Khuri F.; Magliocca K.; Maithel S.; Olson J. J.; Owonikoko T.; Pickens A.; Ramalingam S.; Shin D. M.; Sica G.; Van Meir E. G.; Zhang H.; Eijckenboom W.; Gillis A.; Korpershoek E.; Looijenga L.; Oosterhuis W.; Stoop H.; van Kessel K. E.; Zwarthoff E. C.; Calatozzolo C.; Cuppini L.; Cuzzubbo S.; DiMeco F.; Finocchiaro G.; Mattei L.; Perin A.; Pollo B.; Chen C.; Houck J.; Lohavanichbutr P.; Hartmann A.; Stoehr C.; Stoehr R.; Taubert H.; Wach S.; Wullich B.; Kycler W.; Murawa D.; Wiznerowicz M.; Chung K.; Edenfield W. J.; Martin J.; Baudin E.; Bubley G.; Bueno R.; De Rienzo A.; Richards W. G.; Kalkanis S.; Mikkelsen T.; Noushmehr H.; Scarpace L.; Girard N.; Aymerich M.; Campo E.; Gine E.; Guillermo A. L.; Van Bang N.; Hanh P. T.; Phu B. D.; Tang Y.; Colman H.; Evason K.; Dottino P. R.; Martignetti J. A.; Gabra H.; Juhl H.; Akeredolu T.; Stepa S.; Hoon D.; Ahn K.; Kang K. J.; Beuschlein F.; Breggia A.; Birrer M.; Bell D.; Borad M.; Bryce A. H.; Castle E.; Chandan V.; Cheville J.; Copland J. A.; Farnell M.; Flotte T.; Giama N.; Ho T.; Kendrick M.; Kocher J. -P.; Kopp K.; Moser C.; Nagorney D.; O'Brien D.; O'Neill B. P.; Patel T.; Petersen G.; Que F.; Rivera M.; Roberts L.; Smallridge R.; Smyrk T.; Stanton M.; Thompson R. H.; Torbenson M.; Yang J. D.; Zhang L.; Brimo F.; Ajani J. A.; Gonzalez A. M. A.; Behrens C.; Bondaruk O.; Broaddus R.; Czerniak B.; Esmaeli B.; Fujimoto J.; Gershenwald J.; Guo C.; Logothetis C.; Meric-Bernstam F.; Moran C.; Ramondetta L.; Rice D.; Sood A.; Tamboli P.; Thompson T.; Troncoso P.; Tsao A.; Wistuba I.; Carter C.; Haydu L.; Hersey P.; Jakrot V.; Kakavand H.; Kefford R.; Lee K.; Long G.; Mann G.; Quinn M.; Saw R.; Scolyer R.; Shannon K.; Spillane A.; Stretch J.; Synott M.; Thompson J.; Wilmott J.; Al-Ahmadie H.; Chan T. A.; Ghossein R.; Gopalan A.; Levine D. A.; Reuter V.; Singer S.; Singh B.; Tien N. V.; Broudy T.; Mirsaidi C.; Nair P.; Drwiega P.; Miller J.; Smith J.; Zaren H.; Park J. -W.; Hung N. P.; Kebebew E.; Linehan W. M.; Metwalli A. R.; Pacak K.; Pinto P. A.; Schiffman M.; Schmidt L. S.; Vocke C. D.; Wentzensen N.; Worrell R.; Yang H.; Moncrieff M.; Goparaju C.; Melamed J.; Pass H.; Botnariuc N.; Caraman I.; Cernat M.; Chemencedji I.; Clipca A.; Doruc S.; Gorincioi G.; Mura S.; Pirtac M.; Stancul I.; Tcaciuc D.; Albert M.; Alexopoulou I.; Arnaout A.; Bartlett J.; Engel J.; Gilbert S.; Parfitt J.; Sekhon H.; Thomas G.; Rassl D. M.; Rintoul R. C.; Bifulco C.; Tamakawa R.; Urba W.; Hayward N.; Timmers H.; Antenucci A.; Facciolo F.; Grazi G.; Marino M.; Merola R.; de Krijger R.; Gimenez-Roqueplo A. -P.; Piche A.; Chevalier S.; McKercher G.; Birsoy K.; Barnett G.; Brewer C.; Farver C.; Naska T.; Pennell N. A.; Raymond D.; Schilero C.; Smolenski K.; Williams F.; Morrison C.; Borgia J. A.; Liptay M. J.; Pool M.; Seder C. W.; Junker K.; Omberg L.; Dinkin M.; Manikhas G.; Alvaro D.; Bragazzi M. C.; Cardinale V.; Carpino G.; Gaudio E.; Chesla D.; Cottingham S.; Dubina M.; Moiseenko F.; Dhanasekaran R.; Becker K. -F.; Janssen K. -P.; Slotta-Huspenina J.; Abdel-Rahman M. H.; Aziz D.; Bell S.; Cebulla C. M.; Davis A.; Duell R.; Elder J. B.; Hilty J.; Kumar B.; Lang J.; Lehman N. L.; Mandt R.; Nguyen P.; Pilarski R.; Rai K.; Schoenfield L.; Senecal K.; Wakely P.; Hansen P.; Lechan R.; Powers J.; Tischler A.; Grizzle W. E.; Sexton K. C.; Kastl A.; Henderson J.; Porten S.; Waldmann J.; Fassnacht M.; Asa S. L.; Schadendorf D.; Couce M.; Graefen M.; Huland H.; Sauter G.; Schlomm T.; Simon R.; Tennstedt P.; Olabode O.; Nelson M.; Bathe O.; Carroll P. R.; Chan J. M.; Disaia P.; Glenn P.; Kelley R. K.; Landen C. N.; Phillips J.; Prados M.; Simko J.; Smith-McCune K.; VandenBerg S.; Roggin K.; Fehrenbach A.; Kendler A.; Sifri S.; Steele R.; Jimeno A.; Carey F.; Forgie I.; Mannelli M.; Carney M.; Hernandez B.; Campos B.; Herold-Mende C.; Jungk C.; Unterberg A.; von Deimling A.; Bossler A.; Galbraith J.; Jacobus L.; Knudson M.; Knutson T.; Ma D.; Milhem M.; Sigmund R.; Godwin A. K.; Madan R.; Rosenthal H. G.; Adebamowo C.; Adebamowo S. N.; Boussioutas A.; Beer D.; Giordano T.; Mes-Masson A. -M.; Saad F.; Bocklage T.; Landrum L.; Mannel R.; Moore K.; Moxley K.; Postier R.; Walker J.; Zuna R.; Feldman M.; Valdivieso F.; Dhir R.; Luketich J.; Pinero E. M. M.; Quintero-Aguilo M.; Carlotti C. G.; Dos Santos J. S.; Kemp R.; Sankarankuty A.; Tirapelli D.; Catto J.; Agnew K.; Swisher E.; Creaney J.; Robinson B.; Shelley C. S.; Godwin E. M.; Kendall S.; Shipman C.; Bradford C.; Carey T.; Haddad A.; Moyer J.; Peterson L.; Prince M.; Rozek L.; Wolf G.; Bowman R.; Fong K. M.; Yang I.; Korst R.; Rathmell W. K.; Fantacone-Campbell J. L.; Hooke J. A.; Kovatich A. J.; Shriver C. D.; DiPersio J.; Drake B.; Govindan R.; Heath S.; Ley T.; Van Tine B.; Westervelt P.; Rubin M. A.; Lee J. I.; Aredes N. D.; Mariamidze A.; Stuart J. M.; Benz C. C.; Laird P. W.. - In: CELL. - ISSN 0092-8674. - ELETTRONICO. - 173:(2018), pp. 291-304. [10.1016/j.cell.2018.03.022]

Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer

Grazi G.;
2018

Abstract

We conducted comprehensive integrative molecular analyses of the complete set of tumors in The Cancer Genome Atlas (TCGA), consisting of approximately 10,000 specimens and representing 33 types of cancer. We performed molecular clustering using data on chromosome-arm-level aneuploidy, DNA hypermethylation, mRNA, and miRNA expression levels and reverse-phase protein arrays, of which all, except for aneuploidy, revealed clustering primarily organized by histology, tissue type, or anatomic origin. The influence of cell type was evident in DNA-methylation-based clustering, even after excluding sites with known preexisting tissue-type-specific methylation. Integrative clustering further emphasized the dominant role of cell-of-origin patterns. Molecular similarities among histologically or anatomically related cancer types provide a basis for focused pan-cancer analyses, such as pan-gastrointestinal, pan-gynecological, pan-kidney, and pan-squamous cancers, and those related by stemness features, which in turn may inform strategies for future therapeutic development. Comprehensive, integrated molecular analysis identifies molecular relationships across a large diverse set of human cancers, suggesting future directions for exploring clinical actionability in cancer treatment.
2018
173
291
304
Hoadley K. A.; Yau C.; Hinoue T.; Wolf D. M.; Lazar A. J.; Drill E.; Shen R.; Taylor A. M.; Cherniack A. D.; Thorsson V.; Akbani R.; Bowlby R.; Wong C...espandi
File in questo prodotto:
File Dimensione Formato  
Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer.pdf

Accesso chiuso

Dimensione 7.67 MB
Formato Adobe PDF
7.67 MB Adobe PDF   Richiedi una copia

I documenti in FLORE sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.

Utilizza questo identificatore per citare o creare un link a questa risorsa: https://hdl.handle.net/2158/1301124
Citazioni
  • ???jsp.display-item.citation.pmc??? ND
  • Scopus 1470
  • ???jsp.display-item.citation.isi??? 1351
social impact