Un nuovo approccio molecolare allo studio delle comunità microbiche

Nonostante gli studi di ecologia microbica siano iniziati da qualche decennio e che siano sviluppati con ritmo sempre crescente, un grande salto qualitativo si è avuto nel momento in cui alle problematiche di questa disciplina è stato possibile applicare i nuovi metodi di indagine offerti dalle tecnologie del DNA ricombinante. Infatti queste nuove tecnologie mirano direttamente al genoma del microrganismo. Le varie tecniche molecolari hanno diversa sensibilità e specificità e permettono la identificazione di una funzione e/o di un dato microrganismo ed il relativo monitoraggio sia in vitro che nell’ambiente naturale. Esse consentono inoltre, nella loro globalità, l’analisi e la caratterizzazione di popolazioni naturali e non, a diversi livelli tassonomici (supragenerici, generici, specifici, intraspecifici) e lo studio della loro dinamica in relazione alle diverse condizioni ambientali. Tra le tecniche molecolari, due sono particolarmente versatili: la tecnica RAPD (random amplified polymorphic DNA) e l’analisi di restrizione del 16S rDNA amplificato mediante PCR (ARDRA), estremamente veloci ma con un diverso livello di specificità. In particolare la prima di esse (RAPD) permette di discriminare anche tra ceppi geneticamente correlati e quindi di evidenziare variazioni intraspecifiche, mentre l’analisi di restrizione del 16S rDNA permette di raggruppare ceppi batterici appartenenti alla stessa specie. L’uso contemporaneo di queste due metodologie permette quindi la caratterizzazione di una popolazione microbica presa nella sua globalità. Questo approccio metodologico è stato applicato con successo allo studio di popolazioni microbiche prelevate da ambienti naturali molto diversi.