Transferability of PCR-based diagnostic protocols: An international collaborative case study assessing protocols targeting the quarantine pine pathogen Fusarium circinatum

Questo articolo riporta i risultati di uno studio comparativo svolto da 23 laboratori partner internazionali per determinare la stabilità delle performance di nove protocolli di diagnostica molecolare (PCR e qPCR) per il fungo Fusarium circinatum, un patogeno invasivo del genere Pinus, che è sottoposto a quarantena in molte parti del mondo inclusa l'Europa. Nello studio è stato utilizzato un panel di DNA appartenenti a 71 ceppi rappresentativi di F. circinatum e specie di Fusarium tassonomicamente vicine. Lo studio dimostra che i protocolli diagnostici di PCR per F. circinatum non sono facilmente trasferibili tra laboratori e a utilizzatori finali che si servano di reagenti e attrezzature propri e variabili. Più in generale i risultati suggeriscono che l'uso di protocolli di PCR convenzionale o in real-time in condizioni diverse da quelle in cui siano stati sviluppati e validati richiede che venga fatta un'accurata caratterizzazione delle performance nelle nuove condizioni d'uso prima dell'applicazione. Il lavoro suggerisce accorgimenti che consentano di migliorare la trasferibilità dei protocolli diagnostici. In this work, an international collaborative study joined 23 partners to assess the transferability and the performance of nine molecular protocols, using a wide panel of DNA from 71 representative strains of F. circinatum and related Fusarium species. F. circinatum is a harmful pathogenic fungus mostly attacking Pinus species listed as a quarantine pest in several parts of the world. Considering that participating laboratories were free to use their own reagents and equipment, this study demonstrated that the diagnostic protocols for F. circinatum were not easily transferable to endusers. More generally, our results suggest that the use of protocols using conventional or real-time PCR outside their initial development and validation conditions should require careful characterization of the performance data priorto use under modifed conditions (i.e. reagents and equipment). Suggestions to improve the transfer are proposed.