Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
Renal cell carcinoma (RCC) is not a single disease, but several histologically defined cancers with different genetic drivers, clinical courses, and therapeutic responses. The current study evaluated 843 RCC from the three major histologic subtypes, including 488 clear cell RCC, 274 papillary RCC, and 81 chromophobe RCC. Comprehensive genomic and phenotypic analysis of the RCC subtypes reveals distinctive features of each subtype that provide the foundation for the development of subtype-specific therapeutic and management strategies for patients affected with these cancers. Somatic alteration of BAP1, PBRM1, and PTEN and altered metabolic pathways correlated with subtype-specific decreased survival, while CDKN2A alteration, increased DNA hypermethylation, and increases in the immune-related Th2 gene expression signature correlated with decreased survival within all major histologic subtypes. CIMP-RCC demonstrated an increased immune signature, and a uniform and distinct metabolic expression pattern identified a subset of metabolically divergent (MD) ChRCC that associated with extremely poor survival. Ricketts et al. find distinctive features of each RCC subtype, providing the foundation for development of subtype-specific therapeutic and management strategies. Somatic alteration of BAP1, PBRM1, and metabolic pathways correlates with subtype-specific decreased survival, while CDKN2A alteration, DNA hypermethylation, and Th2 immune signature correlate with decreased survival within all subtypes.
The Cancer Genome Atlas Comprehensive Molecular Characterization of Renal Cell Carcinoma / Ricketts C. J., De Cubas A. A., Fan H., Smith C. C., Lang M., Reznik E., Bowlby R., Gibb E. A., Akbani R., Beroukhim R., Bottaro D. P., Choueiri T. K., Gibbs R. A., Godwin A. K., Haake S., Hakimi A. A., Henske E. P., Hsieh J. J., Ho T. H., Kanchi R. S., et al.. - In: CELL REPORTS. - ISSN 2211-1247. - ELETTRONICO. - 23:(2018), pp. 313-326. [10.1016/j.celrep.2018.03.075]
The Cancer Genome Atlas Comprehensive Molecular Characterization of Renal Cell Carcinoma
Ricketts C. J.;De Cubas A. A.;Fan H.;Smith C. C.;Lang M.;Reznik E.;Bowlby R.;Gibb E. A.;Akbani R.;Beroukhim R.;Bottaro D. P.;Choueiri T. K.;Gibbs R. A.;Godwin A. K.;Haake S.;Hakimi A. A.;Henske E. P.;Hsieh J. J.;Ho T. H.;Kanchi R. S.;Krishnan B.;Kwaitkowski D. J.;Lui W.;Merino M. J.;Mills G. B.;Myers J.;Nickerson M. L.;Reuter V. E.;Schmidt L. S.;Shelley C. S.;Shen H.;Shuch B.;Signoretti S.;Srinivasan R.;Tamboli P.;Thomas G.;Vincent B. G.;Vocke C. D.;Wheeler D. A.;Yang L.;Kim W. T.;Robertson A. G.;Caesar-Johnson S. J.;Demchok J. A.;Felau I.;Kasapi M.;Ferguson M. L.;Hutter C. M.;Sofia H. J.;Tarnuzzer R.;Wang Z.;Zenklusen J. C.;Zhang J. J.;Chudamani S.;Liu J.;Lolla L.;Naresh R.;Pihl T.;Sun Q.;Wan Y.;Wu Y.;Cho J.;DeFreitas T.;Frazer S.;Gehlenborg N.;Getz G.;Heiman D. I.;Kim J.;Lawrence M. S.;Lin P.;Meier S.;Noble M. S.;Saksena G.;Voet D.;Zhang H.;Bernard B.;Chambwe N.;Dhankani V.;Knijnenburg T.;Kramer R.;Leinonen K.;Liu Y.;Miller M.;Reynolds S.;Shmulevich I.;Thorsson V.;Zhang W.;Broom B. M.;Hegde A. M.;Ju Z.;Korkut A.;Li J.;Liang H.;Ling S.;Liu W.;Lu Y.;Ng K. -S.;Rao A.;Ryan M.;Wang J.;Weinstein J. N.;Zhang J.;Abeshouse A.;Armenia J.;Chakravarty D.;Chatila W. K.;de Bruijn I.;Gao J.;Gross B. E.;Heins Z. J.;Kundra R.;La K.;Ladanyi M.;Luna A.;Nissan M. G.;Ochoa A.;Phillips S. M.;Sanchez-Vega F.;Sander C.;Schultz N.;Sheridan R.;Sumer S. O.;Sun Y.;Taylor B. S.;Anur P.;Peto M.;Spellman P. T.;Benz C.;Stuart J. M.;Wong C. K.;Yau C.;Hayes D. N.;Parker J. S.;Wilkerson M. D.;Ally A.;Balasundaram M.;Brooks D.;Carlsen R.;Chuah E.;Dhalla N.;Holt R.;Jones S. J. M.;Kasaian K.;Lee D.;Ma Y.;Marra M. A.;Mayo M.;Moore R. A.;Mungall A. J.;Mungall K.;Sadeghi S.;Schein J. E.;Sipahimalani P.;Tam A.;Thiessen N.;Tse K.;Wong T.;Berger A. C.;Cherniack A. D.;Cibulskis C.;Gabriel S. B.;Gao G. F.;Ha G.;Meyerson M.;Schumacher S. E.;Shih J.;Kucherlapati M. H.;Kucherlapati R. S.;Baylin S.;Cope L.;Danilova L.;Bootwalla M. S.;Lai P. H.;Maglinte D. T.;Van Den Berg D. J.;Weisenberger D. J.;Auman J. T.;Balu S.;Bodenheimer T.;Fan C.;Hoadley K. A.;Hoyle A. P.;Jefferys S. R.;Jones C. D.;Meng S.;Mieczkowski P. A.;Mose L. E.;Perou A. H.;Perou C. M.;Roach J.;Shi Y.;Simons J. V.;Skelly T.;Soloway M. G.;Tan D.;Veluvolu U.;Hinoue T.;Laird P. W.;Zhou W.;Bellair M.;Chang K.;Covington K.;Creighton C. J.;Dinh H.;Doddapaneni H.;Donehower L. A.;Drummond J.;Glenn R.;Hale W.;Han Y.;Hu J.;Korchina V.;Lee S.;Lewis L.;Li W.;Liu X.;Morgan M.;Morton D.;Muzny D.;Santibanez J.;Sheth M.;Shinbrot E.;Wang L.;Wang M.;Xi L.;Zhao F.;Hess J.;Appelbaum E. L.;Bailey M.;Cordes M. G.;Ding L.;Fronick C. C.;Fulton L. A.;Fulton R. S.;Kandoth C.;Mardis E. R.;McLellan M. D.;Miller C. A.;Schmidt H. K.;Wilson R. K.;Crain D.;Curley E.;Gardner J.;Lau K.;Mallery D.;Morris S.;Paulauskis J.;Penny R.;Shelton C.;Shelton T.;Sherman M.;Thompson E.;Yena P.;Bowen J.;Gastier-Foster J. M.;Gerken M.;Leraas K. M.;Lichtenberg T. M.;Ramirez N. C.;Wise L.;Zmuda E.;Corcoran N.;Costello T.;Hovens C.;Carvalho A. L.;de Carvalho A. C.;Fregnani J. H.;Longatto-Filho A.;Reis R. M.;Scapulatempo-Neto C.;Silveira H. C. S.;Vidal D. O.;Burnette A.;Eschbacher J.;Hermes B.;Noss A.;Singh R.;Anderson M. L.;Castro P. D.;Ittmann M.;Huntsman D.;Kohl B.;Le X.;Thorp R.;Andry C.;Duffy E. R.;Lyadov V.;Paklina O.;Setdikova G.;Shabunin A.;Tavobilov M.;McPherson C.;Warnick R.;Berkowitz R.;Cramer D.;Feltmate C.;Horowitz N.;Kibel A.;Muto M.;Raut C. P.;Malykh A.;Barnholtz-Sloan J. S.;Barrett W.;Devine K.;Fulop J.;Ostrom Q. T.;Shimmel K.;Wolinsky Y.;Sloan A. E.;De Rose A.;Giuliante F.;Goodman M.;Karlan B. Y.;Hagedorn C. H.;Eckman J.;Harr J.;Tucker K.;Zach L. A.;Deyarmin B.;Hu H.;Kvecher L.;Larson C.;Mural R. J.;Somiari S.;Vicha A.;Zelinka T.;Bennett J.;Iacocca M.;Rabeno B.;Swanson P.;Latour M.;Lacombe L.;Tetu B.;Bergeron A.;McGraw M.;Staugaitis S. M.;Chabot J.;Hibshoosh H.;Sepulveda A.;Su T.;Wang T.;Potapova O.;Voronina O.;Desjardins L.;Mariani O.;Roman-Roman S.;Sastre X.;Stern M. -H.;Cheng F.;Berchuck A.;Bigner D.;Lipp E.;Marks J.;McCall S.;McLendon R.;Secord A.;Sharp A.;Behera M.;Brat D. J.;Chen A.;Delman K.;Force S.;Khuri F.;Magliocca K.;Maithel S.;Olson J. J.;Owonikoko T.;Pickens A.;Ramalingam S.;Shin D. M.;Sica G.;Van Meir E. G.;Eijckenboom W.;Gillis A.;Korpershoek E.;Looijenga L.;Oosterhuis W.;Stoop H.;van Kessel K. E.;Zwarthoff E. C.;Calatozzolo C.;Cuppini L.;Cuzzubbo S.;DiMeco F.;Finocchiaro G.;Mattei L.;Perin A.;Pollo B.;Chen C.;Houck J.;Lohavanichbutr P.;Hartmann A.;Stoehr C.;Stoehr R.;Taubert H.;Wach S.;Wullich B.;Kycler W.;Murawa D.;Wiznerowicz M.;Chung K.;Edenfield W. J.;Martin J.;Baudin E.;Bubley G.;Bueno R.;De Rienzo A.;Richards W. G.;Kalkanis S.;Mikkelsen T.;Noushmehr H.;Scarpace L.;Girard N.;Aymerich M.;Campo E.;Gine E.;Guillermo A. L.;Van Bang N.;Hanh P. T.;Phu B. D.;Tang Y.;Colman H.;Evason K.;Dottino P. R.;Martignetti J. A.;Gabra H.;Juhl H.;Akeredolu T.;Stepa S.;Hoon D.;Ahn K.;Kang K. J.;Beuschlein F.;Breggia A.;Birrer M.;Bell D.;Borad M.;Bryce A. H.;Castle E.;Chandan V.;Cheville J.;Copland J. A.;Farnell M.;Flotte T.;Giama N.;Kendrick M.;Kocher J. -P.;Kopp K.;Moser C.;Nagorney D.;O'Brien D.;O'Neill B. P.;Patel T.;Petersen G.;Que F.;Rivera M.;Roberts L.;Smallridge R.;Smyrk T.;Stanton M.;Thompson R. H.;Torbenson M.;Yang J. D.;Zhang L.;Brimo F.;Ajani J. A.;Gonzalez A. M. A.;Behrens C.;Bondaruk J.;Broaddus R.;Czerniak B.;Esmaeli B.;Fujimoto J.;Gershenwald J.;Guo C.;Lazar A. J.;Logothetis C.;Meric-Bernstam F.;Moran C.;Ramondetta L.;Rice D.;Sood A.;Thompson T.;Troncoso P.;Tsao A.;Wistuba I.;Carter C.;Haydu L.;Hersey P.;Jakrot V.;Kakavand H.;Kefford R.;Lee K.;Long G.;Mann G.;Quinn M.;Saw R.;Scolyer R.;Shannon K.;Spillane A.;Stretch O.;Synott M.;Thompson J.;Wilmott J.;Al-Ahmadie H.;Chan T. A.;Ghossein R.;Gopalan A.;Levine D. A.;Singer S.;Singh B.;Tien N. V.;Broudy T.;Mirsaidi C.;Nair P.;Drwiega P.;Miller J.;Smith J.;Zaren H.;Park J. -W.;Hung N. P.;Kebebew E.;Linehan W. M.;Metwalli A. R.;Pacak K.;Pinto P. A.;Schiffman M.;Wentzensen N.;Worrell R.;Yang H.;Moncrieff M.;Goparaju C.;Melamed J.;Pass H.;Botnariuc N.;Caraman I.;Cernat M.;Chemencedji I.;Clipca A.;Doruc S.;Gorincioi G.;Mura S.;Pirtac M.;Stancul I.;Tcaciuc D.;Albert M.;Alexopoulou I.;Arnaout A.;Bartlett J.;Engel J.;Gilbert S.;Parfitt J.;Sekhon H.;Rassl D. M.;Rintoul R. C.;Bifulco C.;Tamakawa R.;Urba W.;Hayward N.;Timmers H.;Antenucci A.;Facciolo F.;Grazi G.;Marino M.;Merola R.;de Krijger R.;Gimenez-Roqueplo A. -P.;Piche A.;Chevalier S.;McKercher G.;Birsoy K.;Barnett G.;Brewer C.;Farver C.;Naska T.;Pennell N. A.;Raymond D.;Schilero C.;Smolenski K.;Williams F.;Morrison C.;Borgia J. A.;Liptay M. J.;Pool M.;Seder C. W.;Junker K.;Omberg L.;Dinkin M.;Manikhas G.;Alvaro D.;Bragazzi M. C.;Cardinale V.;Carpino G.;Gaudio E.;Chesla D.;Cottingham S.;Dubina M.;Moiseenko F.;Dhanasekaran R.;Becker K. -F.;Janssen K. -P.;Slotta-Huspenina J.;Abdel-Rahman M. H.;Aziz D.;Bell S.;Cebulla C. M.;Davis A.;Duell R.;Elder J. B.;Hilty J.;Kumar B.;Lang J.;Lehman N. L.;Mandt R.;Nguyen P.;Pilarski R.;Rai K.;Schoenfield L.;Senecal K.;Wakely P.;Hansen P.;Lechan R.;Powers J.;Tischler A.;Grizzle W. E.;Sexton K. C.;Kastl A.;Henderson J.;Porten S.;Waldmann J.;Fassnacht M.;Asa S. L.;Schadendorf D.;Couce M.;Graefen M.;Huland H.;Sauter G.;Schlomm T.;Simon R.;Tennstedt P.;Olabode O.;Nelson M.;Bathe O.;Carroll P. R.;Chan J. M.;Disaia P.;Glenn P.;Kelley R. K.;Landen C. N.;Phillips J.;Prados M.;Simko J.;Smith-McCune K.;VandenBerg S.;Roggin K.;Fehrenbach A.;Kendler A.;Sifri S.;Steele R.;Jimeno A.;Carey F.;Forgie I.;Mannelli M.;Carney M.;Hernandez B.;Campos B.;Herold-Mende C.;Jungk C.;Unterberg A.;von Deimling A.;Bossler A.;Galbraith J.;Jacobus L.;Knudson M.;Knutson T.;Ma D.;Milhem M.;Sigmund R.;Madan R.;Rosenthal H. G.;Adebamowo C.;Adebamowo S. N.;Boussioutas A.;Beer D.;Giordano T.;Mes-Masson A. -M.;Saad F.;Bocklage T.;Landrum L.;Mannel R.;Moore K.;Moxley K.;Postier R.;Walker J.;Zuna R.;Feldman M.;Valdivieso F.;Dhir R.;Luketich J.;Pinero E. M. M.;Quintero-Aguilo M.;Carlotti C. G.;Dos Santos J. S.;Kemp R.;Sankarankuty A.;Tirapelli D.;Catto J.;Agnew K.;Swisher E.;Creaney J.;Robinson B.;Godwin E. M.;Kendall S.;Shipman C.;Bradford C.;Carey T.;Haddad A.;Moyer J.;Peterson L.;Prince M.;Rozek L.;Wolf G.;Bowman R.;Fong K. M.;Yang I.;Korst R.;Rathmell W. K.;Fantacone-Campbell J. L.;Hooke J. A.;Kovatich A. J.;Shriver C. D.;DiPersio J.;Drake B.;Govindan R.;Heath S.;Ley T.;Van Tine B.;Westervelt P.;Rubin M. A.;Lee J. I.;Aredes N. D.;Mariamidze A.
2018
Abstract
Renal cell carcinoma (RCC) is not a single disease, but several histologically defined cancers with different genetic drivers, clinical courses, and therapeutic responses. The current study evaluated 843 RCC from the three major histologic subtypes, including 488 clear cell RCC, 274 papillary RCC, and 81 chromophobe RCC. Comprehensive genomic and phenotypic analysis of the RCC subtypes reveals distinctive features of each subtype that provide the foundation for the development of subtype-specific therapeutic and management strategies for patients affected with these cancers. Somatic alteration of BAP1, PBRM1, and PTEN and altered metabolic pathways correlated with subtype-specific decreased survival, while CDKN2A alteration, increased DNA hypermethylation, and increases in the immune-related Th2 gene expression signature correlated with decreased survival within all major histologic subtypes. CIMP-RCC demonstrated an increased immune signature, and a uniform and distinct metabolic expression pattern identified a subset of metabolically divergent (MD) ChRCC that associated with extremely poor survival. Ricketts et al. find distinctive features of each RCC subtype, providing the foundation for development of subtype-specific therapeutic and management strategies. Somatic alteration of BAP1, PBRM1, and metabolic pathways correlates with subtype-specific decreased survival, while CDKN2A alteration, DNA hypermethylation, and Th2 immune signature correlate with decreased survival within all subtypes.
Ricketts C. J.; De Cubas A. A.; Fan H.; Smith C. C.; Lang M.; Reznik E.; Bowlby R.; Gibb E. A.; Akbani R.; Beroukhim R.; Bottaro D. P.; Choueiri T. K....espandi
I documenti in FLORE sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificatore per citare o creare un link a questa risorsa: https://hdl.handle.net/2158/1301114
Citazioni
ND
682
702
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
