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Cholangiocarcinoma (CCA) is an aggressive malignancy
of the bile ducts, with poor prognosis and
limited treatment options. Here, we describe the
integrated analysis of somatic mutations, RNA
expression, copy number, and DNA methylation
by The Cancer Genome Atlas of a set of predominantly
intrahepatic CCA cases and propose a molecular
classification scheme. We identified an IDH
mutant-enriched subtype with distinct molecular
features including low expression of chromatin
modifiers, elevated expression of mitochondrial
genes, and increased mitochondrial DNA copy
number. Leveraging the multi-platform data, we
observed that ARID1A exhibited DNA hypermethylation
and decreased expression in the IDH mutant
subtype. More broadly, we found that IDH mutations
are associated with an expanded histological
spectrum of liver tumors with molecular features
that stratify with CCA. Our studies reveal insights
into the molecular pathogenesis and heterogeneity
of cholangiocarcinoma and provide classification
information of potential therapeutic significance.
Farshidfar, Farshad;Zheng, Siyuan;Gingras, Marie-Claude;Newton, Yulia;Shih, Juliann;Robertson, A. Gordon;Hinoue, Toshinori;Hoadley, Katherine A.;Gibb, Ewan A.;Roszik, Jason;Covington, Kyle R.;Wu, Chia-Chin;Shinbrot, Eve;Stransky, Nicolas;Hegde, Apurva;Yang, Ju Dong;Reznik, Ed;Sadeghi, Sara;Pedamallu, Chandra Sekhar;Ojesina, Akinyemi I.;Hess, Julian M.;Auman, J. Todd;Rhie, Suhn K.;Bowlby, Reanne;Borad, Mitesh J.;Akbani, Rehan;Allotey, Loretta K.;Ally, Adrian;Alvaro, Domenico;Andersen, Jesper B.;Appelbaum, Elizabeth L.;Arora, Arshi;Auman, J. Todd;Balasundaram, Miruna;Balu, Saianand;Bardeesy, Nabeel;Bathe, Oliver F.;Baylin, Stephen B.;Beroukhim, Rameen;Berrios, Mario;Bodenheimer, Tom;Boice, Lori;Bootwalla, Moiz S.;Borad, Mitesh J.;Bowen, Jay;Bowlby, Reanne;Bragazzi, Maria Consiglia;Brooks, Denise;Cardinale, Vincenzo;Carlsen, Rebecca;Carpino, Guido;Carvalho, Andre L.;Chaiteerakij, Roongruedee;Chandan, Vishal C.;Cherniack, Andrew D.;Chin, Lynda;Cho, Juok;Choe, Gina;Chuah, Eric;Chudamani, Sudha;Cibulskis, Carrie;Cordes, Matthew G.;Covington, Kyle R.;Crain, Daniel;Curley, Erin;De Rose, Agostino Maria;Defreitas, Timothy;Demchok, John A.;Deshpande, Vikram;Dhalla, Noreen;Ding, Li;Evason, Kimberley;Farshidfar, Farshad;Felau, Ina;Ferguson, Martin L.;Foo, Wai Chin;Franchitto, Antonio;Frazer, Scott;Fronick, Catrina C.;Fulton, Lucinda A.;Fulton, Robert S.;Gabriel, Stacey B.;Gardner, Johanna;Gastier-Foster, Julie M.;Gaudio, Eugenio;Gehlenborg, Nils;Genovese, Giannicola;Gerken, Mark;Getz, Gad;Giama, Nasra H.;Gibbs, Richard A.;Gingras, Marie-Claude;Giuliante, Felice;Grazi, Gian Luca;Hayes, D. Neil;Hegde, Apurva M.;Heiman, David I.;Hess, Julian M.;Hinoue, Toshinori;Hoadley, Katherine A.;Holbrook, Andrea;Holt, Robert A.;Hoyle, Alan P.;Huang, Mei;Hutter, Carolyn M.;Jefferys, Stuart R.;Jones, Steven J. M.;Jones, Corbin D.;Kasaian, Katayoon;Kelley, Robin K.;Kim, Jaegil;Kleiner, David E.;Kocher, Jean-Pierre A.;Kwong, Lawrence N.;Lai, Phillip H.;Laird, Peter W.;Lawrence, Michael S.;Leraas, Kristen M.;Lichtenberg, Tara M.;Lin, Pei;Liu, Wenbin;Liu, Jia;Lolla, Laxmi;Lu, Yiling;Ma, Yussanne;Mallery, David;Mardis, Elaine R.;Marra, Marco A.;Matsushita, Marcus M.;Mayo, Michael;McLellan, Michael D.;McRee, Autumn J.;Meier, Sam;Meng, Shaowu;Meyerson, Matthew;Mieczkowski, Piotr A.;Miller, Christopher A.;Mills, Gordon B.;Moore, Richard A.;Morris, Scott;Mose, Lisle E.;Moser, Catherine D.;Mounajjed, Taofic;Mungall, Andrew J.;Mungall, Karen;Murray, Bradley A.;Naresh, Rashi;Newton, Yulia;Noble, Michael S.;O'Brien, Daniel R.;Ojesina, Akinyemi I.;Parker, Joel S.;Patel, Tushar C.;Paulauskis, Joseph;Pedamallu, Chandra Sekhar;Penny, Robert;Perou, Charles M.;Perou, Amy H.;Pihl, Todd;Radenbaugh, Amie J.;Ramirez, Nilsa C.;Rathmell, W. Kimryn;Reznik, Ed;Rhie, Suhn K.;Roach, Jeffrey;Roberts, Lewis R.;Robertson, A. Gordon;Sadeghi, Sara;Saksena, Gordon;Sander, Chris;Schein, Jacqueline E.;Schmidt, Heather K.;Schumacher, Steven E.;Shelton, Candace;Shelton, Troy;Shen, Ronglai;Sheth, Margi;Shi, Yan;Shih, Juliann;Shinbrot, Eve;Shroff, Rachna;Simons, Janae V.;Sipahimalani, Payal;Skelly, Tara;Sofia, Heidi J.;Soloway, Matthew G.;Stoppler, Hubert;Stransky, Nicolas;Stuart, Josh;Sun, Qiang;Tam, Angela;Tan, Donghui;Tarnuzzer, Roy;Thiessen, Nina;Thorne, Leigh B.;Torbenson, Michael S.;Van Den Berg, David J.;Veluvolu, Umadevi;Verhaak, Roel G. W.;Voet, Doug;Wan, Yunhu;Wang, Zhining;Weinstein, John N.;Weisenberger, Daniel J.;Wheeler, David A.;Wilson, Richard K.;Wise, Lisa;Wong, Tina;Wu, Chia-Chin;Wu, Ye;Xi, Liu;Yang, Ju Dong;Yang, Liming;Zenklusen, Jean C.;Zhang, Hailei;Zhang, Jiashan (Julia);Zheng, Siyuan;Zmuda, Erik;Zhu, Andrew X.;Stuart, Josh M.;Sander, Chris;Akbani, Rehan;Cherniack, Andrew D.;Deshpande, Vikram;Mounajjed, Taofic;Foo, Wai Chin;Torbenson, Michael S.;Kleiner, David E.;Laird, Peter W.;Wheeler, David A.;McRee, Autumn J.;Bathe, Oliver F.;Andersen, Jesper B.;Bardeesy, Nabeel;Roberts, Lewis R.;Kwong, Lawrence N.
2017
Abstract
Cholangiocarcinoma (CCA) is an aggressive malignancy
of the bile ducts, with poor prognosis and
limited treatment options. Here, we describe the
integrated analysis of somatic mutations, RNA
expression, copy number, and DNA methylation
by The Cancer Genome Atlas of a set of predominantly
intrahepatic CCA cases and propose a molecular
classification scheme. We identified an IDH
mutant-enriched subtype with distinct molecular
features including low expression of chromatin
modifiers, elevated expression of mitochondrial
genes, and increased mitochondrial DNA copy
number. Leveraging the multi-platform data, we
observed that ARID1A exhibited DNA hypermethylation
and decreased expression in the IDH mutant
subtype. More broadly, we found that IDH mutations
are associated with an expanded histological
spectrum of liver tumors with molecular features
that stratify with CCA. Our studies reveal insights
into the molecular pathogenesis and heterogeneity
of cholangiocarcinoma and provide classification
information of potential therapeutic significance.
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Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
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