At the core of the interaction: Probing charged side chainsin flexible protein regions with simultaneous nuclearmagnetic resonance experiments

L’articolo presenta strategie avanzate di spettroscopia NMR per la caratterizzazione delle catene laterali di amminoacidi carichi, fondamentali nel riconoscimento biomolecolare ma difficili da osservare a causa di scambi conformazionali e con il solvente. Vengono introdotti due approcci complementari basati su rivelazione in 13C che utilizzano acquisizioni multiple per monitorare simultaneamente residui carichi positivamente e negativamente. Un esperimento NOAH combina sequenze CζNη-HDQC e SC-CACO per rilevare arginina, aspartato e glutammato, mentre una strategia Multiple-Receiver integra CP-HISQC e CζNε-HSQC per l’assegnazione completa del gruppo guanidinico dell’arginina. L’approccio è applicato allo studio dell’interazione tra il dominio N-terminale della nucleocapside di SARS-CoV-2 e l’enoxaparina, fornendo informazioni sulle catene laterali cariche coinvolte nell’interfaccia proteina-ligando.